중도 퇴사자⋅입사자 연말정산은 어떻게 처리해야 하나요?

HR·인사노무 가이드/연말정산

아이퀘스트_얼마에요 2025. 1. 23. 16:14

안녕하세요, HR담당자 여러분. 새해 연말정산이 시작됐습니다. 1월 15일부터 연말정산 간소화 서비스도 시작돼서 본격적으로 임직원들로부터 연말정산 서류를 받고 계실 거예요.

그런데 여기서 궁금한 게 하나 있을 거예요.

작년 12월에 중도퇴사한 직원의 연말정산도 우리 회사가 처리해야 하나?

1월에 입사한 직원도 우리가 연말정산을 해줘야 하나?

이렇게 입사 시점이 애매하면 우리 회사가 연말정산을 해줘야 하는지 헷갈릴 거예요.

연말정산 업무가 이번이 처음이라면 더더욱 고민이 될 겁니다. 중도퇴사자의 유형과 재취업 여부에 따라 연말정산 처리 방식이 달라집니다.

그래서 오늘은 [디포커스 HR]과 함께 중도 퇴사자⋅입사자 연말정산 처리 방법을 상황별로 자세히 알려드릴게요!

1. 직원이 연중에 퇴사했다면? = [근로소득지급명세서]를 제출하세요

중도퇴사자는 해당 연도 말일인 12월 31일 전에 퇴사한 직원을 말해요. 그럼 우리 회사에서 중도퇴사자가 발생한 경우에는 연말정산을 어떻게 처리해야 할까요?

결론부터 말씀드리자면 우리 회사에서 중도퇴사자의 연말정산을 해줄 필요는 없습니다. 연말정산은 재직자를 대상으로 하기 때문이죠.

단, 연말정산은 하지 않지만 [근로소득지급명세서]를 국세청에 제출해야 합니다. 근로자가 퇴사할 때 제출하는 [퇴직소득지급명세서]와 함께 제출해야 하죠.

[근로소득지급명세서] 제출기한은 다음 연도 3월 10일까지입니다. 예를 들어, 우리 회사에서 2024년 8월에 중도퇴사자가 발생했다면, 해당 퇴사자의 [근로소득지급명세서]를 2025년 3월 10일까지 국세청에 제출해야 합니다.

물론 ‘수시 제출’이라고 하여 다음 해 3월 10일까지 기다릴 필요 없이 퇴사 발생월 말일까지 제출해도 됩니다.

이때 식대나 연장근로수당, 소득세 등 급여 항목들을 정확하게 계산해야 하고, [근로소득 원천징수 영수증]과 같은 퇴사자에게 제공해야 하는 서류들도 빠짐없이 체크해야 해요.

그런데 여기서 많은 HR담당자분이 공통으로 하는 질문이 있어요. 12월 31일에 퇴사하는 직원의 연말정산은 어떻게 처리하냐는 거죠.

상당히 애매하죠. 1년을 꽉 채워서 근무했으니 우리 회사가 연말정산을 하는 게 맞는 것처럼 보이기도 하고, 어쨌든 연중에 퇴사했으니 그럴 의무가 없는 것 같기도 하죠.

12월 30일 이전에 퇴사한 직원은 중도정산하여 [근로소득지급명세서]를 국세청에 발급하면 끝입니다.

반면 12월 31일에 퇴사한 직원에 대한 연말정산은 두 가지 경우로 나뉩니다.

퇴사자가 따로 연말정산을 요청하지 않거나 필요 없다고 하면 [근로소득지급명세서]만 제출하면 됩니다. HR 입장에서는 굉장히 간단하죠.

두 번째는 퇴사 후에 연말정산 간소화 자료들을 제출할 테니 연말정산을 해달라고 요청하는 경우입니다.

만약 HR팀만 괜찮다면 계속근로자들과 동일하게 연말정산을 진행할 수 있습니다. 다만, 근태기록이나 급여대장, 퇴사일자 등 근로자와 협의해야 할 부분이 다소 있으니 이 점을 유의하셔야 해요.

2. 우리 회사로 이직했다면? = 똑같이 연말정산을 처리해 주세요

그렇다면 이전 회사에서 중도퇴사한 사람이 우리 회사에 입사했다면 연말정산을 어떻게 해야 할까요?

만약 작년 12월 31일 전에 우리 회사에 입사했다면 다른 재직자들과 동일하게 연말정산을 하면 됩니다. 예를 들어, 2024년 12월에 우리 회사에 입사했다면 2025년에 정상적으로 연말정산을 하면 되죠.

이때, 입사 전 소득에 관해서는 중도입사자에게 이전 직장에서 받은 [근로소득 원천징수 영수증]를 요청해야 해요. 그리고 이전 회사에서 국세청에 제출한 [근로소득지급명세서]를 참고하시면 됩니다.

1월에 경력직 직원이 새로 입사하면 연말정산은 어떻게 해야 할까요? 연말정산 기간에 입사해서 그런지 이것도 은근히 많은 분이 궁금해하십니다.

종종 이전 회사에서 연말정산을 처리해 주기도 하지만 그렇지 않은 경우도 있는데요. 이때는 해당 입사자의 연말정산을 우리 회사가 진행하지 않아도 됩니다.

3. 연중에 재취업 하지 않았다면? = 당사자가 종합소득세 신고

중도퇴사 이후 해당 연도 내에 재취업을 하지 않았다면, 근로자가 직접 5월에 종합소득세를 신고해야 합니다.

다음 연도 1월이나 2월에 재취업을 했다 하더라도 새 직장에서는 연말정산 대상자가 아니므로 당사자가 직접 5월 종합소득세를 반드시 신고해야 하죠.

이때, 회사에서는 중도퇴사자⋅입사자에게 5월에 종합소득세를 잊지 말고 신고하라고 안내해 주면 됩니다.

근로자는 본인이 직접 관련 서류들을 모아서 공제 항목을 일일이 체크하거나 세무 대리인과 함께 검토한 후 신고하면 됩니다.

오늘은 중도퇴사자⋅입사자의 연말정산 처리 방법에 대해 자세히 알아봤어요.

얼핏 보면 복잡해 보이지만 조금만 자세히 들여다보면 크게 어려울 게 없습니다.

올해 중도퇴사자⋅입사자가 많았다고 하더라도 대상자만 잘 분류하면 어렵지 않게 처리할 수 있어요.

중도퇴사자⋅입사자 연말정산, [디포커스 HR]로 한 눈에 관리하세요

작년에 중도퇴사자⋅입사자가 많았다면 연말정산 대상자를 가려내는 것부터 너무 힘들 거예요.

근로자들의 정보와 근태 현황, 급여 정보가 정확하게 기록되어 있어야 하고, 중도퇴사자는 [근로소득지급명세서] 제출을 위해 중도정산을 따로 진행해야 합니다.